Le programme de la Maison de l'histoire européenne comprend une exposition temporaire annuelle au rez-de-chaussée et au premier étage, qui développe les thèmes de l'exposition permanente, en utilisant une approche transnationale et interdisciplinaire. Les expositions temporaires sont produites en anglais, français, néerlandais et allemand, avec des textes qui figurent dans les salles. Chaque exposition temporaire est accompagnée d’une publication qui peut être achetée à la boutique du musée.