La Maison de l'histoire européenne a été initialement proposée en 2008 par Hans-Gert Pöttering, alors président du Parlement européen. La justification du projet était claire : la génération des personnes qui ont vécu les tragédies du XXe siècle et qui ont ensuite construit l'Union européenne était en train de disparaître. Les réalisations de l'intégration européenne sont de plus en plus remises en question et l'histoire de l'intégration européenne n'est encore expliquée dans aucun musée.

Le musée devait donc être un lieu où l'"idée européenne" pouvait se développer, où l'on pouvait mieux comprendre l'histoire européenne dans toute sa complexité, où l'on pouvait encourager l'échange d'idées et où l'on pouvait remettre en question les préjugés. Les expositions devaient montrer les valeurs communes de l'unification européenne : la dignité humaine, la liberté, la démocratie, l'État de droit. En d'autres termes, elles montreraient ce que les Européennes et les Européens peuvent accomplir en travaillant ensemble, en surmontant les bouleversements sociaux, économiques et politiques sur la voie d'une coexistence pacifique.

Pour ce faire, une équipe pluridisciplinaire de spécialistes en conservation, éducation et muséologie a été constituée en 2011, ainsi que deux organes consultatifs, un comité académique et un conseil d'administration, avec un financement fourni par le Parlement européen et la Commission européenne. Le projet de l'équipe était de montrer les événements de l'Europe à travers une lentille européenne, en proposant une vue d’ensemble du continent, plutôt qu'une somme d'histoires nationales. Le contenu a été sélectionné pour parler de processus qui étaient à l'origine européens ou qui se sont étendus à plusieurs pays européens et qui sont toujours d'actualité. L'équipe s’est efforcée d’adopter un point de vue impartial et indépendant sur l'histoire européenne, en utilisant un éventail de sources, de témoignages et de récits. Il a fallu veiller à ce que le musée puisse être visité dans 24 langues européennes - ce qui n'est pas une mince affaire ! Le lieu choisi était une ancienne clinique dentaire pour enfants à Bruxelles, en Belgique, financée par l'inventeur de l'appareil photo Kodak et philanthrope George Eastman.

L'exposition permanente commence par les origines et la formation du continent, puis passe aux transformations politiques et économiques du XIXe siècle, aux ravages des guerres mondiales, puis au processus de reconstruction et d'intégration du dernier demi-siècle. L'idée de "mémoire" est omniprésente dans l'exposition : quelles expériences historiques lient les différentes nations dans l'histoire européenne ? Faut-il se souvenir des événements tragiques pour éviter qu'ils ne se répètent, ou faut-il oublier pour pouvoir vivre ? Des événements historiques communs ont souvent conduit à des expériences distinctes et à des manières différentes de se souvenir du même processus historique.

L'exposition permanente a pris vie grâce à plus de 1 500 objets, documents et matériels audiovisuels provenant de plus de 300 musées et collections d'Europe et du monde entier. Chacun de ces objets est un morceau de l'histoire européenne, un éclat ou un symbole de notre mémoire collective, du compromis de nombreux Européennes et Européens avant nous. Ces objets et leur histoire permettent de réfléchir à ce que L’Europe est devenue aujourd'hui.