Zum Programm des Hauses der Europäischen Geschichte gehört eine jährliche Wechselausstellung im Erdgeschoss und im ersten Stock, die die Themen und Epochen der Dauerausstellung mit einem transnationalen und interdisziplinären Ansatz vertieft. Die Wechselausstellungen werden auf Englisch, Französisch, Niederländisch und Deutsch produziert und in den Galerien mit einem Begleittext versehen. Zu jeder Wechselausstellung ist ein Katalog erschienen, der im Museumsshop erworben werden kann.