Het programma van het Huis van de Europese geschiedenis omvat een jaarlijkse tijdelijke tentoonstelling op de begane grond en de eerste verdieping, die de thema's en perioden van de permanente tentoonstelling uitbreidt door middel van een transnationale en interdisciplinaire aanpak. De tijdelijke tentoonstellingen worden uitgevoerd in het Engels, Frans, Nederlands en Duits, met begeleidende tekst in de zalen. Bij elke tijdelijke tentoonstelling is een bijbehorende catalogus uitgegeven, te koop in de museumwinkel.